Selection effect of the outgroup in the recovering the phylogenetic relationships of Gastropoda (Mollusca) using complete mitochondrial genomes
Efecto de la elección del grupo externo para recuperar las relaciones filogenéticas de Gastropoda (Mollusca) utilizando genomas mitocondriales completos
Selection effect of the outgroup in the recovering the phylogenetic relationships of Gastropoda (Mollusca) using complete mitochondrial genomes
Efecto de la elección del grupo externo para recuperar las relaciones filogenéticas de Gastropoda (Mollusca) utilizando genomas mitocondriales completos
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Date
Authors
Uribe, Juan Esteban
Castro, Lyda Raquel
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Universidad del Magdalena
Abstract
Description
Gasteropod evolutionary relationships are still not resolved and there are different publications with different hypothesis. The main objective of this study was to evaluate the effect of outgroup choice on the topology of the ingroup, taking into account that there is not an agreement in regards to which is the more closely related group to gastropods. Four different treatments were performed using the different classes of Mollusks hypothetically closer to gastropods as outgroups (Cephalopoda, Scaphopoda, Bivalvia and a all combined). These treatments were performed with two different datasets (aminoacids and nucleotide sequences excluding third codon positions) and two analyses were applied to each dataset (Parsimony and Bayesian), for a total of 16 analyses. In all the analyses, the ingroup relationships are not well recovered when using Scaphopoda as outgroup, as it gets recovered within the ingroup. The same happened with Bivalvia when using Parsimony and the nucleotide dataset. The more stable relatioships were observed when Cephalopoda was used as the outgroup, both in Parsimony and Bayesian analyses and with both type of datasets. In general, in most of the analysis we recovered the group ((Caenogastropoda+Neritimorpha)+V etigastropoda), as well as the group Patelogastropoda+Heterobranchia) with good statistical support. The Eutyneura group was recovered as paraphyletic for the inclusion of Pyramidelloidea dolabrata a Heterostropha member. The analyses including all the outgroups did not recovered well the relationship neither for Gastropoda nor for Mollusca. In general, the topologies of the phylogenetic trees using complete mitocondrial genomes on gastropods can be very affected by outgroup choice. We recommend precaution on the evaluation and selection of outgroups when working with this group.
Las relaciones evolutivas en la Clase Gastropoda no están resueltas y existen varias hipótesis diferentes. Aquí, se evalúa el efecto de la escogencia del grupo externo en la topología de los árboles del grupo de interés, teniendo en cuenta que no hay un consenso sobre el grupo filogenéticamente más cercano a los gasterópodos. Se hicieron cuatro tipos de tratamientos con las clases de moluscos hipotéticamente más cercanas a los gasterópodos como grupo externos Cephalopoda, Scaphopoda, Bivalvia y todos combinados. Se evaluaron dos tipos de codificaciones genéticas (aminoácidos y secuencias de nucleótidos sin la tercera posición del codón) y a cada uno se aplicaron dos análisis (parsimonia y bayesiano), para un total de 16 análisis. Para todos los análisis, tanto parsimonia como bayesianos, las relaciones entre grupo interno y grupo externo no fueron claras al utilizar Scaphopoda como grupo externo, ya que se mezcla con el grupo de interés. Lo mismo sucede con los análisis de Bivalvia, sin la tercera posición del codón para el análisis de parsimonia. Las relaciones más estables con relación al grupo interno y grupo externo se observaron en los análisis utilizando Cephalopoda con las dos codificaciones genéticas en los análisis de parsimonia y bayesianos. En la mayoria de los análisis se recobra el grupo [(Caenogastropoda+Neritimorpha)+Vetigastropoda] y el grupo (Patelogastropoda+Heterobranchia) con niveles significativos de apoyo estadístico. El grupo Eutyneura es parafilético con la inclusión de Pyramidelloidea dolabrata, miembro de los Heterostropha. Los análisis incluyendo todos los grupos externos tanto de parsimonia como bayesianos no resuelven las relaciones, ni de gasterópodos, ni de moluscos. En general, la topología de los árboles filogenéticos con genomas mitocondriales para los gasterópodos es afectada por la elección del grupo externo por lo que se recomienda una selección y evaluación cautelosa del mismo.
Las relaciones evolutivas en la Clase Gastropoda no están resueltas y existen varias hipótesis diferentes. Aquí, se evalúa el efecto de la escogencia del grupo externo en la topología de los árboles del grupo de interés, teniendo en cuenta que no hay un consenso sobre el grupo filogenéticamente más cercano a los gasterópodos. Se hicieron cuatro tipos de tratamientos con las clases de moluscos hipotéticamente más cercanas a los gasterópodos como grupo externos Cephalopoda, Scaphopoda, Bivalvia y todos combinados. Se evaluaron dos tipos de codificaciones genéticas (aminoácidos y secuencias de nucleótidos sin la tercera posición del codón) y a cada uno se aplicaron dos análisis (parsimonia y bayesiano), para un total de 16 análisis. Para todos los análisis, tanto parsimonia como bayesianos, las relaciones entre grupo interno y grupo externo no fueron claras al utilizar Scaphopoda como grupo externo, ya que se mezcla con el grupo de interés. Lo mismo sucede con los análisis de Bivalvia, sin la tercera posición del codón para el análisis de parsimonia. Las relaciones más estables con relación al grupo interno y grupo externo se observaron en los análisis utilizando Cephalopoda con las dos codificaciones genéticas en los análisis de parsimonia y bayesianos. En la mayoria de los análisis se recobra el grupo [(Caenogastropoda+Neritimorpha)+Vetigastropoda] y el grupo (Patelogastropoda+Heterobranchia) con niveles significativos de apoyo estadístico. El grupo Eutyneura es parafilético con la inclusión de Pyramidelloidea dolabrata, miembro de los Heterostropha. Los análisis incluyendo todos los grupos externos tanto de parsimonia como bayesianos no resuelven las relaciones, ni de gasterópodos, ni de moluscos. En general, la topología de los árboles filogenéticos con genomas mitocondriales para los gasterópodos es afectada por la elección del grupo externo por lo que se recomienda una selección y evaluación cautelosa del mismo.
Keywords
filogenia,
gasterópodos,
moluscos,
Phylogeny,
gastropods,
mollusks